全自动显微镜是一款编码显微镜，也就是说，显微镜放大倍率和可变光圈位置将被实时传送到软件。刻度条随同实时图像一起显示，并在放大倍率变化时同步更新。存储图像时，参数随同图像一起保存，以便将来需要时随时调用，并通过软件实现全景自动扫描、自动拼图、自动回位、同步浏览、远程遥控等全自动化功能，以达到提高工作效率目的的光电算一体化的高科技产品。
全自动显微镜计算机通过软件自动控制显微镜动作的全自动系统，操作菜单和所采集的图象及显微镜功能控制同界面，即由软件控制自动调焦、自动物镜切换、自动功能转换（明场、暗场、偏光、微分干涉相衬等观察方法）、自动扫描载物台、自动调光、自动采集图像等。实现多个特征位置记忆，操作者可精确地对前几次或几十次的位置快速定位可实现多视野的拼接和观察，再根据实际需要灵活进行图象处理分析等。
全自动显微镜的优势是：
1、外观漂亮，体积小巧，可以放在任意的桌子上，方便在各种场合使用；
2、显微镜实现全自动，配套相应的软件可以实现完全自动化；
3、可靠性强、稳定性好，辨别和确认缺陷的能力好；
4、物镜选择和观察方法切换连动，自动地调节亮度光圈。提高了观察速度并减轻疲劳；
5、光源自动开关及明亮度自动控制；
6、静态图像追溯:采集后的静态图像，浏览时可回溯到该图像原始镜下坐标、动态、原始图像立现。